В России создали «онлайн-конструктор» углеводов — теперь ученые смогут собирать молекулы прямо в браузере
Из-за огромного разнообразия и структурной сложности природных углеводов ученым для описания углеводных молекул не хватает формализованных средств, понятных как человеку, так и компьютерным программам и базам данных. До недавнего времени эта ситуация усугублялась отсутствием простых и доступных инструментов ввода углеводных структур и форматирования их для дальнейшей работы или использования в публикациях.
Сотрудники Лаборатории углеводов и биоцидов ИОХ РАН разработали язык описания углеводов CSDB Linear, устраняющий недостатки других нотаций и объединяющий функциональную полноту, однозначность и машиночитаемость, способность обрабатывать структуры с неопределенностями, простоту освоения человеком, сообщает ТАСС со ссылкой на пресс-службу Института органической химии им. Зелинского (ИОХ) РАН. Статья опубликована в журнале Journal of Chemical Information and Modeling.
Разработка, в частности, дает ученым новые возможности для работы с базой данных по структурам природных углеводов (Carbohydrate Structure Database, CSDB). Кроме того, химики смогут использовать новый редактор и для создания структур для последующей работы с ними в других программах, а также для подготовки иллюстраций для публикаций: от символических схем до атомно-координатных моделей. Посмотреть и попробовать собрать молекулу можно здесь.
Так, редактор позволяет визуально собирать сложные молекулы прямо в браузере, наглядно визуализирует их во множестве форматов, «на лету» генерирует структурные формулы, списки возможных изомеров, оптимизированные трехмерные модели, файлы для молекулярной динамики и другие данные. При этом интуитивно понятный интерфейс не требует от пользователя специфических компьютерных навыков, добавили в институте.
Новый онлайн-редактор поможет ученым визуально собирать сложные молекулы. И вы тоже можете побывать на месте ученого и попробовать собрать новый углевод