Коммерческие генетические тесты нашли у людей редкие мутации, которых на самом деле нет
Использование чипов с однонуклеотидным полиморфизмом (SNP) — более дешевый метод генетического тестирования, чем полное секвенирование. В нем используются сетки из сотен тысяч генетических маркеров, которые реагируют на определенные варианты генов. Этот метод довольно точен при определении частых мутаций, связанных, например, с развитием сахарного диабета второго типа. Но, как оказалось, метод однонуклеотидного полиморфизма начинает часто ошибаться, когда дело доходит до редких вариантов генов.
Исследователи из Эксетерского университета в Великобритании показали, что SNP-чипы могут точно определять наличие генов BRCA1 и BRCA2, связанных прежде всего с раком груди («гены Анджелины Джоли»), с точностью 99%. Но с более редкими вариантами метод справляется намного хуже: в таком случае гораздо выше становится вероятность ложноположительного или ложноотрицательного результатов.
В исследовании ученые использовали данные Британского биобанка (UK Biobank). Из него авторы взяли для анализа геномы 500 000 человек, образцы ДНК которых были отобраны в 2006 году. Все образцы были протестированы с помощью чипов SNP, а примерно 10% из них также прошли полное секвенирование генома. Оказалось, что только 17% из 189 человек, получивших положительный результат на генетический маркер рака BRCA при SNP-тесте, реально имели его.
Из 45 678 человек с отрицательным тестом на онкогенные мутации BRCA, сделанном на чипе с однонуклеотидным полиморфизмом, 65 оказались на самом деле носителями этих генов. Еще у 70 человек с отрицательным результатом по SNP-тестированию ученые с помощью секвенирования обнаружили повышающие риск развития рака варианты генов. Однако, анализ генома на чипах SNP гораздо дешевле полного секвенирования. Для своей цены этот метод имеет вполне адекватную точность, которую просто стоит учитывать при проведении исследования.
Мутации в BRCA могут передаваться от одного из родителей, и десятки из них связаны с раком. Люди с ложноположительным результатом тестирования на эти гены сталкиваются с дополнительным скринингом и потенциально ненужной операцией. А пациенты с ложноотрицательным результатом рискуют обнаружить у себя заболевание слишком поздно.
Исследование опубликовано в журнале BMJ.
Генетическое тестирование становится все более дешевым и популярным. Но если у вас вдруг нашли редкие варианты генов, вызывающих рак, не спешите писать завещание — велика вероятность, что тест-система ошиблась