Биологи научились извлекать из РНК в 10 раз больше информации

Новая технология, разработанная американскими исследователями, основана на методе Seq-Well, который позволяет быстро секвенировать РНК сразу нескольких отдельных клеток. Этот метод, как и другие высокопроизводительные подходы, не позволяет собрать столько же информации об отдельной клетке, сколько позволяют более медленные и дорогие методы секвенирования РНК.

В новой работе исследователи хотели восстановить утраченную в ходе такого производительного секвенирования информацию. Для этого ученые решили модифицировать один из этапов процесса, на котором, предположительно, терялась львиная доля информации. На этом этапе количество молекул комплементарной ДНК увеличивается с помощью полимеразной цепной реакции, чтобы получить достаточное количество копий ДНК для секвенирования.

Чтобы увеличить количество молекул, проходящих через этот этап, ученые добавили к ним вторую последовательность праймеров, чтобы облегчить ПЦР-ферментам копирование этих молекул. Используя этот метод, исследователи показали, что могут получать гораздо больше информации из одной клетки. Биологи наблюдали пятикратное увеличение числа обнаруживаемых генов и десятикратное увеличение числа РНК-транскриптов.

Используя новую методику, исследователи проанализировали 19 биопсий кожи пациентов, представляющих пять различных кожных заболеваний — псориаз, акне, проказу, алопецию (аутоиммунное заболевание, вызывающее выпадение волос) и кольцевую гранулему (хроническое дегенеративное заболевание кожи). Авторы обнаружили некоторое сходство между болезнями: например, сходные популяции выделяющихся при воспалении Т-клеток оказались активными как при проказе, так и при кольцевой гранулеме.

Ученые также обнаружили некоторые особенности, которые были уникальны для конкретного заболевания. В тканях нескольких больных псориазом авторы обнаружили, что клетки, называемые кератиноцитами, экспрессируют гены, которые позволяют им делиться и управлять воспалением, наблюдаемым при этом заболевании.