За последние несколько недель весь мир узнал множество новых подробностей о COVID-19 и вызывающем его вирусе, SARS-CoV-2. И хотя количество образовательных материалов и исследований о природе этого загадочного явления растет с каждым днем, в этой области медицины остается еще множество «серых пятен».
Коронавирус может быть гибридом двух других вирусов
Ученые полагают, что эпидемия коронавируса зародилась в результате взаимодействия двух других вирусов, носителями которых являются животные.
Например, мы все еще не знаем, какой вид животных стал источником заразы. Летучие мыши? Ящерицы? Обитатели пещер или лесов в китайской провинции Хубэй? А может, кто-то до сих пор неизвестный?
Согласно новому исследованию, самый первый заболевший даже не посещал рынок в городе Ухань. Молекулярное датирование указывает на то, что заражение произошло еще в ноябре.
Геном SARS-CoV-2 был быстро секвенирован китайскими исследователями. Это молекула РНК, состоящая примерно из 30000 оснований, содержащая 15 генов, в том числе ген S, который кодирует белок, расположенный на поверхности вирусной оболочки (для сравнения, наш геном находится в форме двойной спирали ДНК около 3 миллиардов оснований). по размеру и содержит около 30000 генов).
Сравнительный геномный анализ показал, что SARS-CoV-2 относится к группе бета-коронавирусов и что он очень близок к SARS-CoV, ответственному за эпидемию острой пневмонии, которая появилась в ноябре 2002 года в китайской провинции Гуандун и затем распространилась на 29 стран в 2003 году.
Всего было зарегистрировано 8098 случаев, в том числе 774 случая смерти. Известно, что летучие мыши принадлежали к роду Rhinolophus, и что маленький хищник, пальмовая цивета (Paguma larvata), мог служить промежуточным хозяином между летучими мышами и первыми случаями заболевания у людей.
С тех пор многие бета-коронавирусы были обнаружены, главным образом, у летучих мышей и у людей. Например, RaTG13, выделенный из летучей мыши вида Rhinolophus affinis, собранного в китайской провинции Юнань, недавно был описан как очень похожий на SARS-CoV-2, с последовательностями генома, идентичными на 96%.
Эти результаты показывают, что летучие мыши, и в частности виды рода Rhinolophus, являются резервуаром вирусов SARS-CoV и SARS-CoV-2.
Резервуар — это один или несколько видов животных, которые не очень чувствительны к вирусу или не очень чувствительны к ним, в которых естественным образом будут находиться один или несколько вирусов. Отсутствие симптомов заболевания объясняется эффективностью их иммунной системы, которая позволяет им бороться с чрезмерным распространением вируса.
7 февраля 2020 года мы узнали, что в панголине был обнаружен вирус, еще более близкий к SARS-CoV-2. С 99% геномного соответствия этот зверь стал более вероятным резервуаром, чем летучие мыши.
Однако недавнее обзорное исследование показывает, что геном коронавируса, выделенного из малазийского панголина (Manis javanica), менее похож на SARS-Cov-2, с только 90 процентами согласованности генома. Это указывает на то, что вирус, выделенный из животного, не несет ответственности за эпидемию COVID-19, которая бушует в настоящее время.
Однако одно важное сходство все-таки есть. Коронавирус, выделенный из панголина, сходен на 99 процентов в конкретной области белка S, который позволяет вирусу проникать в человеческие клетки и заражать их. А вот вирус RaTG13, выделенный из летучих мышей R. affinis, сильно отличается в этом конкретном регионе (только 77 процентов сходства). Это означает, что коронавирус, выделенный из панголина, способен проникать в клетки человека, тогда как коронавирус, выделенный из летучей мыши R. affinis, не способен.
Кроме того, эти геномные сравнения показывают, что вирус SARS-Cov-2 является результатом рекомбинации между двумя различными вирусами, один из которых близок к RaTG13, а другой ближе к вирусу панголина. Другими словами, это химера, гибрид двух ранее существовавших вирусов.
Чтобы произошла рекомбинация, два расходящихся вируса должны были одновременно инфицировать один и тот же организм. Два вопроса пока остаются без ответа: в каком организме произошла эта рекомбинация? (летучая мышь, панголин или другой вид?) И, прежде всего, при каких условиях происходила эта рекомбинация?