Как ученые ищут «нулевого пациента» пандемии

Само понятие «нулевой пациент» родилось из-за ошибки перевод. в начале эпидемии ВИЧ в начале 1980-х. Первого ВИЧ-инфицированного в официальных документах называли «пациент О», а в СМИ его назвали «нулевым». Ученые называют первый случай заражения — индексным случаем, а первого зараженного человека — первичным случаем.

С начала пандемии COVID-19 считалось, что первичный случай был обнаружен на рынке морепродуктов в Ухани, но китайские ученые считают, что SARS-CoV-2 начал распространяться гораздо раньше.

Поиск первичного случая начинается с определения типа возбудителя заболевания. В случае COVID-19 — это зооноз - так называют заболевания, вызванные патогенами, которые переходят от животного к человеку. Это может быть вызвано разными причинами: «вторжение» человека в естественную среду обитания животных, изменение пищевых привычек человека или изменение климата. Другие примеры зоонозных заболеваний — это лихорадка Эбола, свиной и птичий грипп, вирус Зика или ВИЧ.

Популярная гипотеза гласит, что «нулевой пациент», прежде чем стал таковым, съел мясо змеи или ящера панголина, которые могли быть промежуточным звеном между человеком и летучей мышью.

Чтобы отыскать переносчика зооноза, ученые сравнивают ДНК патогена (организма, вызвавшего заболевание) у людей и животных. Чем больше совпадений в последовательности нуклеотидов, составляющих геном, тем более близки ДНК патогенов. Близость последовательностей указывает ученым на животного-хозяина вируса. Для SARS-CoV-2, поражающего человека, наиболее близким совпадением (96%) оказался вирус летучих мышей RaTG13. Кроме этого, SARS-CoV-2 накапливает мутации так же, как патоген рукокрылых. Но специалисты не берутся окончательно называть источник, потому что животные активно взаимодействуют друг с другом и могут обмениваться вирусами. Как мы уже говорили, ученые считают, что переносчиком SARS-CoV-2 стало мясо змеи или ящера, но вирус панголина идентичен SARS-CoV-2 только на 91%. До сих пор ученые не сходятся во мнении, ведь небольшие, на первый взгляд, 4% или 9% не доказывают предка SARS-CoV-2.

Осложняют понимание и происходящие мутации, которые случаются при каждой передаче вируса от организма к организму. Ученые называют их штаммами. На сегодняшний момент известно более тысячи штаммов коронавируса, ученые даже научились предсказывать появление новых за пять месяцев. Процесс трансформации вируса связан с изменением гена спайкового белка и изменением наборов нуклеотидов в других генах.

Для того чтобы связать все мутации, ученые строят генеалогическое древо SARS-CoV-2. Они сравнивают последовательности вирусных образов и строят взаимосвязи на основе генетических сходств и различий. Сегодня доступны десятки тысяч различных последовательностей SARS-CoV-2, и их сравнение, — трудоемкая работа.

Нулевой пациент был носителем первого штамма — это корень генеалогического дерева вирусов, из которого последовательными мутациями получаются все остальные штаммы. Но первичный случай COVID-19 до сих пор неизвестен.

Рынок морепродуктов является источником первой массовой вспышки, однако первый диагноз заражения болезнью, которую только через несколько месяцев назвали COVID-19, поставили 1 декабря 2019 года, на месяц раньше, чем власти Китая объявили о первом официальном случае.

Практически все ученые согласны, что SARS-CoV-2 не был разработан в лаборатории в Ухане, где якобы произошла случайная утечка. При сравнении генетической последовательности RaTG13 (вирус летучих мышей) с SARS-CoV-2 различия случайным образом распределяются по геному. В спроектированном вирусе, считают ученые, были бы четкие блоки изменений, которые представляют собой введенные последовательности из другого вирусного источника.

По материалам scienceabc.com