Создано первое интерактивное Древо Жизни: все живые существа на одной схеме
С тех пор как секвенирование ДНК стало относительно дешевым и быстрым, ученые получили огромное количество данных о генетическом родстве разных видов живых существ. Одну из самых больших баз данных по филогенетике (науке об эволюционных взаимоотношениях организмов) ведет Национальный центр биотехнологической информации США (NCBI). По состоянию на октябрь 2016 года в ней содержалась информация об 1,4 миллионах видов.
Недавно в журнале PNAS была опубликована работа, в которой ученые предложили в распоряжение коллег первую всеобъемлющую версию филогенетического древа жизни — Open Tree of Life (OTOL). Однако пользоваться этим древом могут только специалисты: работа с ним требует многих специальных знаний и навыков, а выглядит оно как компьютерная программа со сложным интерфейсом. Филогенетического древа с простой и понятной обычному пользователю интерактивной структурой до сих пор не существовало
Теперь такой ресурс есть. Дамьен де Вьен объединил современные способы визуализации информации (такие, как OpenStreetMap) и разработал Lifemap — платформу, на которой появилось Древо Жизни (Tree of Life), в котором на данный момент содержится информация о 802 639 (в версии для широкой аудитории) видах, существующих и вымерших.
Lifemap состоит из трех основных групп (доменов), выделение которых предположил в 1990 году основатель молекулярной филогенетики Карл Вёзе. Первый домен — археи, одноклеточные организмы, не имеющие ни ядра, ни других органелл: в Древе сейчас есть 3733 вида архей. Вторая — бактерии (277 426 видов), третья — эукариоты, то есть организмы, в клетках которых есть ядро (521480 видов на сегодняшний день в Lifemap general public). К таким относится множество живых существ от мухомора до человека.
На все узлы древа можно нажать, чтобы получить подробную информацию о таксоне или виде. В строку поиска можно вводить английское или латинское название вида или другого таксона. С помощью команды View full ancestry можно проследить эволюционную историю выбранного вида, а заполнив вторую поисковую строку, можно найти ближайшего общего предка любых двух видов, относящихся к одному домену. При этом система выдает полный кликабельный список всех предков обоих видов вплоть до ближайшего общего.
Сейчас Tree of Life существует в трех вариантах, в которых различаются и само древо, и количество и источники сопроводительной информации. Версия для широкой аудитории (Lifemap general public) включает возможность добавлять в описания видов изображения и ссылки на статьи в Википедии, а если соответсвующей статьи нет, пользователю предлагается ее создать.
Версия Lifemap NCBI содержит всю таксономию по данным NCBI и обновляется раз в неделю. Кликнув на нужный узел древа, пользователь получает дополнительные сведения о количестве видов в таксоне, ссылку на веб-страницу NCBI с описанием таксона и возможность скачать соответствующий участок древа. При желании в этой версии можно создать дополнительный слой и в нем показать все виды указанного таксона, геном которых уже секвенирован.
Третья версия называется Lifemap OTOL (Open Tree of Life). В нем пользователь увидит филогенетическое древо согласно OTOL, о которой рассказывалось выше.
Подробное описание Lifemap опубликовано в журнале PLOS Biology.